南山放生寺開山住持蓮航長老(以下簡稱長老)，於民國三十八年獨自搭船自上海來台。因感中國近代戰禍連連，生靈塗碳，民不聊生，而提倡放生活動。希望能以慈悲之心，化解暴戾之氣。當時是以淡水河為放生地點，到菜市場購買待宰之活魚，不定期舉辦放生活動。但每有舉辦放生活動時，附近的居民皆聞風而至，將放生物加以打撈。於是長老發願，將來若有因緣建立道場，必當先成立放生池，以免放生之水族眾生再遭網捕殺害。
後經人介紹覓得南勢角有一田地(放生寺現址)約七分地，因地質濕軟利用價值不高，地主早就急欲脫手，但卻歷久皆乏人問津。後知長老欲建立寺廟，而以廉價售予長老。於是長老如願先挖佔地約500坪之放生池續養放生之水族眾生，繼續提倡放生。而在放生池開挖後，因有池可聚水，四處土地便開始轉為乾涸，於是便有空地可供建設房舍。原本難以運用的濕軟土地，卻因放生池的成立，而不可思議的變成一處利用價值高，可廣度眾生的三寶地，源源不絕的天然泉水，正是成立放生池的最佳先決條件，一切的轉變，猶如佛菩薩巧妙的安排。
而自民國五十年購地，五十二年開始施工，至民國五十四年完工，歷時四年放生寺的雛型才概略完成，水池定名為「無量壽放生池」。是時許多當代書法名家皆提筆祝賀，後經整編付梓，而成為一本融合宗教、藝術、文化的墨寶集──《南山放生寺護生碑林》。自此放生寺便以池為名，又因地處南勢角南山下，因而稱之為「南山放生寺」。寺中並種有一棵早年由斯里蘭卡佛教團體所贈送極為珍貴之菩提樹苗，此乃印度釋迦牟尼佛成道時之菩提樹第三代。
又因民國88年921地震後，舊有佛殿發現多處損壞，加以信眾日益增多，原有空間亦已不敷使用。因此在大眾的共同努力下，於民國92年又動工重建大雄寶殿及大寮、僧寮，第一期工程於民國94年完工。民國96年十月第二期工程開工，於民國98年底完工，完成念佛堂、禪堂、藥師殿及大雄寶殿等建設。佛殿外牆崁有來自福建手工浮雕之青斗石〝五百羅漢〞聖像，成為極具特色之宗教建築。並於放生池中修建一座緬甸式的佛塔，以融合南北傳佛教建築之精神象徵，同時亦可令附近之緬甸僑胞心靈有所寄託。
本寺主供釋迦牟尼佛，另有一佛堂供奉藥師琉璃光如來，念佛堂供奉西方三聖。活動除了每年定期的法會之外，並不定期舉辦佛學講習及禪修營。同時並提供民眾臨終關懷及助念與聯合公祭，每週六領眾念佛共修，並舉行超薦儀式，為新亡超度作七，協助民眾處理一切親眷往生之善後，安撫家屬之心靈以達冥陽兩利。早期並曾舉辦多次大專、兒童佛學營。又於民國95年10月開始，每年舉辦「南山佛教文化研討會」，每屆舉辦2天共16場研討會，邀集佛學專家學者共同研討佛法義理，並提供發表者獎助金，以鼓勵年輕學者多參與佛法研究的工作。民國97年底，邀集台灣之巴利學者專家，經過數次的會議溝通交流，自民國98年9月，開始正式進行《巴利聖典》之漢譯工作。
又因寺中放生池早在多年前就已呈飽和狀態，而外界放生相關條件亦顯不足。因此，本寺除在每年寺中供奉之〝藥師琉璃光如來〞聖誕之慶祝法會時，依《藥師經》所言，在寺中舉行一次象徵性的放生之外，早已不再對外舉行放生活動，並拒絕接受私自至本寺隨意放生。又因感於徒具型式的放生活動，其正確性與放生之實質內涵，早已令人質疑。並了解到不恰當的放生行為，其在有形的放生活動下，有時卻隱藏著更多無形的害生現象。有鑑於此，自民國99年起，本寺即與民間動保團體合作，每月舉辦〝關愛生命園遊會〞，以關懷流浪動物的〝護生〞方式，去實踐〝放生〞所要彰顯的慈悲精神，與落實眾生平等之本懷。讓佛教〝無緣大慈、同體大悲〞的精神發揮得更為圓滿與完善。
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